Logiciels

Logiciel de programmation dédié aux calculs des statistiques de données.

• Disponible sur le plateau MRI-CRBM
• https://www.r-project.org/

Logiciel dédié aux analyses d’images FLIM. Permet entre autre les calculs de temps de vie de fluorescence, d’amplitudes, et d’intensités.

• Disponible sur le plateau MRI-CRBM
• https://www.becker-hickl.com/products/spcimage/

Détection et segmentation automatiques des cellules et des noyaux à l'aide de polygones convexes en étoile.

Utilisez dl4mic pour entraîner et appliquer StarDist.

Logiciel d'imagerie et de corrélation du temps de vie de fluorescence

• Puissant logiciel d'acquisition et d'analyse de données TTTR 64 bits
• Acquisition de données ponctuelles, 2D et 3D avec prévisualisation en ligne des histogrammes FLIM, FCS, time-traces ou TCSPC.
• FLIM, FLIM rapide, FLIM-FRET
• FCS, FCCS, FLCS, PIE-FCS, corrélation de coïncidence, corrélation totale
• FRET, PIE-FRET
• Analyse de la trace temporelle de fluorescence, analyse de l'éclatement d'une molécule unique
• Anisotropie
• Ajustement de la durée de vie TCSPC avec traitement avancé des erreurs
• Langage de script de programmation utilisateur "STUPSLANG".

Voir symphotime-64-fluorescence-lifetime-imaging-and-correlation-software (en anglais)

UNet est une méthode d'apprentissage profond pour la classification des pixels. Il peut être entraîné à segmenter différents types d'objets dans les images. La première moitié de l'architecture U-Net est un réseau neuronal convolutif à sous-échantillonnage qui agit comme un extracteur de caractéristiques à partir des images d'entrée. L'autre moitié suréchantillonne ces résultats et restaure une image en combinant les résultats du sous-échantillonnage avec les images suréchantillonnées. Utilisez dl4mic pour former et appliquer le réseau UNet.

Se déplaçant de manière transparente entre la restauration, la visualisation et la quantification, le logiciel Volocity est conçu pour une véritable analyse 3D des images de fluorescence. Visualisez vos cellules sous tous les angles. Mesurez les formes, les volumes et les distances. Reliez la structure cellulaire à la fonction avec une précision et une rapidité exceptionnelles. Comparez des échantillons et identifiez des tendances. Produisez des tableaux et des graphiques prêts à être publiés. Donnez une nouvelle dimension à votre analyse d'image grâce à l'analyse d'image en 3D.

Voir https://quorumtechnologies.com/volocity/volocity/suite

Outil pour l'analyse des scratch assays. L'outil mesure la surface d'une plaie dans un tissu cellulaire pour chaque image  d'une série

Téléchargement et plus d'informations :  Wound Healing Tool sur github

Logiciel d’analyse d’images. Permet la manipulation 3D d’images ZEISS. Possibilité d’analyser des expériences de FRAP et le cas échéant de processer des données (fast) AiryScan.

• Disponible sur le plateau MRI CRBM, IGH, DBS, INM
• www.zeiss.com/zen