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Outils d'analyse et extensions développés à l'MRI. Vous pouvez trouver la liste complète des outils disponibles publiquement que nous avons développés dans notre github. Veuillez nous contacter si vous avez un problème d'analyse d'image non résolu. Nous pouvons soit vous orienter vers des solutions déjà existantes, soit développer un outil personnalisé pour vous.
Analysez du clustering des noyaux dans des images 3D. Les centres des noyaux sont détectés. Les noyaux sont filtrés par la présence d'un signal dans un autre canal. Le clustering est fait avec l'algorithme basé sur la densité DBSCAN. Les distances des voisins les plus proches entre tous les noyaux et ceux à l'extérieur et à l'intérieur des cluster sont calculées.
Téléchargement et plus d'informations : 3D_Nuclei_Clustering_Tool sur github
Les adipocytes sont des cellules présentes dans les tissus adipeux, spécialisées dans le stockage de la graisse. L’outil permet de segmenter des adipocytes dans des images des coupes histologiques. Une fois segmenté, la taille des cellules et des mesures de leur morphologie peuvent être mesurées.
Téléchargement et plus d'informations : Adipocytes Tools sur github
L'outil permet de mesurer la zone du sphéroïde dans un 3D cell invasion assay. Il peut également compter et mesurer la surface des noyaux dans le spéroïde.
Téléchargement et plus d'informations : Analyze Spheroid Cell Invasion In 3D Matrix on github
L'outil permet de mesurer la surface de pixels verts par puits dans des images contenant plusieurs puits. Il peut être exécuté en mode batch sur une série d'images.
Download and further informations: Arabidopsis Seedlings Tool on github
L'outil calcule le rapport de l'intensité dans le noyau et le cytoplasme. Il a besoin de deux images en entrée: le canal du cytoplasme et le canal du noyau. Le canal des noyaux est utilisé pour segmenter les noyaux. Les mesures sont effectuées dans le canal du cytoplasme après correction de l'intensité de fond.
Téléchargement et plus d'informations : Intensity Ratio Nuclei Cytoplasm Tool sur github
Napari-Bigfish est un plugin pour le visualisateur d'images multidimensionnelles napari. Il fournit une interface graphique alternative pour certaines parties du paquetage python Big-FISH. Big-FISH est un paquetage python pour l'analyse des images smFISH.
Outil pour l'analyse des scratch assays. L'outil mesure la surface d'une plaie dans un tissu cellulaire pour chaque image d'une série
Téléchargement et plus d'informations : Wound Healing Tool sur github