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La plate-forme met a disposition des logiciels commerciaux pour l'analyse de données, des logiciels open source et des solutions développées sur la plate-forme MRI. Nous fournissons également l'accès à des solutions de deep-learning, y compris l'apprentissage (training) sur nos machines.
Conçu pour analyser simplement, efficacement et rapidement des données multi-couleurs de cytmétrie. Quatre panneaux de contrôle simples permettent d'accéder à tous les aspects de vos données.
Logiciel d’analyse d’images. Permet la manipulation 2D d’images LEICA. Possibilité d’analyser des expériences de FRAP.
Logiciel de programmation pour le calcul numérique. Dédié à l’analyse de données, le développement d’algorithmes et la création de modèles mathématiques.
Logiciel de traitement et d’analyse d’images.
Logiciel permettant de visualiser des données 3D volumiques et surfaciques, de les positionner, annoter, mesurer et de les modifier.
Nouveau concept de navigateur morphodynamique basé sur le Web pour visualiser et interagir avec des ensembles de données complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement.
Napari-Bigfish est un plugin pour le visualisateur d'images multidimensionnelles napari. Il fournit une interface graphique alternative pour certaines parties du paquetage python Big-FISH. Big-FISH est un paquetage python pour l'analyse des images smFISH.
Noise2Void est une méthode d'apprentissage en profondeur qui peut être utilisée pour débruiter les images de microscopie. Aucun ensemble de données d'entraînement spécifique n'est requis, uniquement les images bruitées. Utilisez dl4mic pour entraîner et appliquer le Noise2Void.
Permet aux chercheurs de tous les niveaux d'expérience en cytométrie en flux de faire une analyse efficace. Automatise plusieurs fonctions fluidiques en éliminant les procédures lourdes et longues.
Du microscope à la publication, OMERO gère toutes vos images dans un référentiel central sécurisé. Vous pouvez afficher, organiser, analyser et partager vos données depuis n'importe quel endroit où vous avez accès à Internet.
Un certain nombre de logiciels de traitement et d'analyse d'images sont disponibles sur nos ordinateurs. Veuillez nous contacter si vous avez besoin d'aide avec l'un de ces logiciels.
Un certain nombre de logiciels d'analyse d'images à code source ouvert sont disponibles sur nos ordinateurs. D'autres progiciels open source peuvent être installés sur demande. La plupart de nos ordinateurs sont équipés pour le traitement 3D/4D ainsi que pour l’entraînement et l'application de solutions d'apprentissage profond. Si vous avez besoin d'aide avec un logiciel d'analyse d'images open source, veuillez nous contacter.
Outils d'analyse et extensions développés à l'MRI. Vous pouvez trouver la liste complète des outils disponibles publiquement que nous avons développés dans notre github. Veuillez nous contacter si vous avez un problème d'analyse d'image non résolu. Nous pouvons soit vous orienter vers des solutions déjà existantes, soit développer un outil personnalisé pour vous.
Nous avons développé un outil dl4mic, qui permet aux utilisateurs d'entraîner et d'exécuter des solutions d'apprentissage profond à partir d'une interface graphique intégrée à FIJI/ImageJ. Actuellement, 4 modèles de réseaux sont disponibles dans l'outil : UNet, Dense-UNet, Noise2Void et Stardist. L'outil permet d'intégrer rapidement d'autres modèles. Pour la segmentation cellulaire, nous proposons Cellpose. Cellpose est déjà entraîné avec un grand nombre d'images de cellules et peut souvent être utilisé sans entraînement supplémentaire. Notre version de Cellpose permet d'exécuter un traitement par lots à partir de l'interface utilisateur graphique.