Logiciels libres

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Un certain nombre de logiciels d'analyse d'images à code source ouvert sont disponibles sur nos ordinateurs. D'autres progiciels open source peuvent être installés sur demande. La plupart de nos ordinateurs sont équipés pour le traitement 3D/4D ainsi que pour l’entraînement et l'application de solutions d'apprentissage profond. Si vous avez besoin d'aide avec un logiciel d'analyse d'images open source, veuillez nous contacter.

Cell profiler

Logiciel dédié à la quantification d’images et à l’automatisation de tâches. Aucune expérience en programmation nécessaire, fonctionne sous forme de création de pipeline d’analyse.

FIJI / ImageJ

Logiciel de traitement et d’analyse d’images 2D et 3D. Possibilité d’écrire des macros (langage propre), des scripts (python, javascript, ....) et des plugins (java).

  • Disponible sur tous les postes d’analyse d’images de la plateforme 
  • ImageJ/Fiji

Flowing Software

Flowing Software est un logiciel gratuit d'analyse de données de cytométrie en flux pour Windows. Il combine l'analyse de données à haut débit avec la facilité d'utilisation de Flowing. L'interface visuelle facile à utiliser assure une analyse efficace des données avec votre ordinateur personnel !

Icy

Logiciel de traitement et d’analyse d’images 2D et 3D. Fonctionne par l’intermédiaire de plugins et à l’aide de la programmation graphique pour créer ses propres protocoles d’analyse. Possibilité de réaliser des macros en python et javascripts.

ILASTIK

ILASTIK solution OPEN SOURCE Tirez parti des algorithmes d'apprentissage automatique pour segmenter, classer, suivre et compter facilement vos données expérimentales.

Morphonet

Nouveau concept de navigateur morphodynamique basé sur le Web pour visualiser et interagir avec des ensembles de données complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement.

Omero

Du microscope à la publication, OMERO gère toutes vos images dans un référentiel central sécurisé. Vous pouvez afficher, organiser, analyser et partager vos données depuis n'importe quel endroit où vous avez accès à Internet.